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GMDB使用方法

 

GMDB内の様々な糖鎖のMSnのスペクトルと検体のスペクトルとを比較することにより、糖鎖構造を推定することができます。GMDBのスペクトル検索には、糖鎖組成から検索する方法と、前駆イオンのm/z値から検索する方法があります。

 

糖鎖組成から検索する場合は、”Glycan Composition”のラジオボタンをクリックしてください。
そして、対応する構成単糖(Hex、HexNAc、dHex、Pent、HexA、Neu5Ac、Neu5Gc)の欄に適当な数字を入力します。硫酸化修飾やリン酸化修飾のあるものを検索する場合には、対応する欄 (Sulfo、Phospho)にも適当な数字を入力してください。また、付加イオンの種類、数も選択してください。MALDI-TOF MSで測定した糖鎖の場合は、他の金属イオンをサンプルにドーピングしていない限り、付加イオンの欄は「H+」か「Na+」に”１”を入力するだけです。付加イオンがない場合には、「Null」のチェック・ボックスをクリックしてください。糖鎖のラベル化剤は、表示されているリストから選択してください。ラベル化剤の略語は以下の通りです。:

 

PA: pyridyl amino

PB: pyrene butylic hydrazide

2AA: 2-amido-benzoic acid

2AB: 2-amido-benzamide

AP: aminopyrene

PBA: pyrene butylamine

OL: alditol

fig1.tif

 

最後に、”Search” ボタンをクリックしてください。

 

 m/z値から検索する場合は、”m/z” のラジオボタンをクリックします。

そして、比較したいスペクトルの前駆イオンの m/z 値を入力します。次に、”tolerance”の欄に適当な数字を入力してください。通常、0.5から1.0までの数字を入れることによって、関連スペクトルを見つけることができます。

fig2.tif

 

最後に、”Search”ボタンをクリックしてください。

 

Searchボタンを押すと、「Spectral Database Search Result」のウィンドウが開き、検索した条件に合致するスペクトルを与えた糖鎖構造が表示されます。表示されている糖鎖に関してGMDB内に格納されているMSnスペクトルのリストは、前駆イオンのm/z値のツリー構造によって表示されます。m/z値で検索した場合、合致する前駆イオンは黄色で強調されています。参照したいスペクトルの前駆イオンのm/z値をクリックして選択してください。選択をキャンセルしたい場合は、黄色で強調された数字を再度クリックすると元に戻ります。選択したスペクトルを表示するには、「Show Spectra」のボタンをクリックしてください。

fig3.tif

fig4.tif

 

スペクトルは、そのスペクトルを与えた糖鎖構造と共にウィンドウに現れます。前駆イオンの値もスペクトルの左上に示されます。MS4スペクトルの場合は、断片化経路も示されます。左上に表示されているディスプレイ範囲設定ボックスに適切な値を入力した後に、「Redraw」ボタンをクリックすることにより、拡大されたスペクトルを表示することもできます。表示されたスペクトルを印刷したい場合は、「Print」のボタンをクリックしてください。

fig5.tif

 

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