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データベース

 

日本糖鎖科学統合データベース

横断検索

キーワードによる横断検索
【検索対象】
    GGDB(糖鎖関連遺伝子データベース), LfDB(レクチンフロンティアデータベース),
    GlycoProtDB(糖タンパク質データベース),
    GMDB(糖鎖のタンデム質量分析スペクトルデータベース),
    LipidBank, GlycoEpitope, GALAXY(多次元HPLCデータベース),
    KO mice DB(KOマウスDB), Glycoforum, PACDB(糖鎖と病原体のデータベース),
    GlycoPOD(糖鎖に関する実験プロトコルデータベース),
    GDGDB(糖鎖関連疾患とその原因遺伝子のデータベース),
    TuMaRdb(疾患糖鎖マーカーのデータベース), Online Report(JCGGDBリポート),
    GlycosidaseDB(グリコシダーゼデータベース), JIGSDB(糖鎖構造統合データベース)

構造検索

統合検索(For Cheminformatics)

GlycoChem Explorer
【検索対象】
    JIGSDB(糖鎖構造統合データベース), Inhibitor DB(阻害剤データベース),
    JMSDB(単糖データベース), GlycosideDB(配糖体データベース),
    GlycoNAVI(有機化合物に関するデータベース)

糖タンパク質

糖タンパク質データベース
IGOT法という実験方法で証明されたN-結合型糖鎖の修飾位置をデータベース化しました。GlycoProtDBと名付けてます。

感染

糖鎖と病原体のデータベース(PACDB) Ver.1 / Ver.2
病原体が認識する糖鎖構造の情報を収録しています。有名なウイルスやバクテリアなどが糖鎖に結合できる能力を持っていることが分かります。

疾患

糖鎖関連疾患遺伝子データベース(GDGDB) Ver.1 / Ver.2
糖鎖を合成する遺伝子である糖転移酵素や糖鎖を分解する酵素に変異があると活性に影響がでることがあります。 結果的に代謝経路に影響を与えることになります。
疾患糖鎖マーカーのデータベース(TuMaRdb)

実験手順

糖鎖科学の実験プロトコル集
糖鎖の分析・糖鎖の機能解析・グリコシダーゼや糖転移酵素やレクチンの分析など200以上のプロトコルを公開してます。立命館大学と産総研と共同で原稿依頼から公開までの活動を実施をしております。この糖鎖科学の実験プロトコルの執筆には編集委員会に参加頂いた編集委員と執筆して頂いた150名以上の研究者の技術が詰まったプロトコル集です。 結果がうまくいかない場合には専門の研究者とやり取りできるように問合せ機能による運用を考えております。
糖鎖合成データベース
有機化学による糖鎖のの合成方法をデータベース化しています。化学構造式による糖鎖構造検索からも検索できます。

リポート

糖鎖関連遺伝子

GlycoGeneDataBase (GGDB Ver.2)
糖転移酵素、糖ヌクレオチド輸送体や硫酸基転移酵素のデータベースです。
Caenorhabditis elegans GlycoGene DataBase(CGGDB)
線虫の糖鎖関連遺伝子に関するRNAiのフェノタイプのデータベースです。
Lectin Frontier DataBase (LfDB)
レクチンのデータベースです。標準糖鎖との結合情報が豊富です。
グリコシダーゼデータベース

統合検索プロトタイプ

その他

GlycosideDB
配糖体のデータベースです。天然物の和名などを集めています。構造の分類が不完全です。

糖鎖関連特許データベース(GlycoPatDB)  ※開発中